先日、後輩から「UCSCからダウンロードした遺伝子の座標から塩基配列を取得するときに、ファイルに書かれた座標とゲノムブラウザでみた配列が1つずれてる」と言われました。 自分もかつて同じ問題にぶつかったのですが、意外と知らない人がいると思い、まと…

あんまり需要はない知識ですが、SAMファイルをSAMToolsなどを使わずに直接いじくったときに引っかかったことをメモ。The SAM Format Specification (v1.4-r962)(pdf) multiread(複数の箇所にマップされたリード)を除きたい場合 あるリードが複数の箇所にマッ…

The Reference Sequence (RefSeq) database is a non-redundant collection of richly annotated DNA, RNA, and protein sequences from diverse taxa. The collection includes sequences from plasmids, organelles, viruses, archaea, bacteria, and euka…

Entrez Gene は「遺伝子の辞書」 Entrez Gene は、遺伝子を中心に据えて*1、ゲノム地図、配列、発現、タンパク質構造、機能、相同性といった多様な情報を統合したデータベースです。すべてをまとめる、というよりは色んなところに飛んでいけるハブを提供する…