TranscriotDbオブジェクトと周辺のクラスとの関係

R

Transcriptdbについて - Qiita BioConductorのGenomicFeaturesパッケージにあるTranscriotDbオブジェクトを使う際に関連したクラスとの相互関係がよく分からなくなってきたので,まとめました. > sessionInfo() R version 2.15.1 (2012-06-22) Platform: x8…

Perl でawkライクなワンライナー(GFFからの行抽出など)

メモ.awkでいいという噂もありますが… window.twttr = (function(d, s, id) { var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0], t = window.twttr || {}; if (d.getElementById(id)) return t; js = d.createElement(s); js.id = id; js.src = "https://platfo…

RStudioでknit HTMLで図が出力されなかったのを解決した

R

いつの間にか,RStudioの knit HTMLボタンで作ったHTMLに図が出力されなくなったので(問題の分析が出来てないまま@wakutekaに相談したり…すみません…)色々試したり調べたりしていました. こちらの掲示板で,knitrはevaluateに依存しているけど,そのevalu…

Bowtie2でmultiple hitの扱いがおかしい件(Tophat,Cufflinksとの関連で)

gaou_akさんのツイートで知りました. window.twttr = (function(d, s, id) { var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0], t = window.twttr || {}; if (d.getElementById(id)) return t; js = d.createElement(s); js.id = id; js.src = "https://platfor…

確率変数としてのp-valueの感覚をRで身につける

R Advent Calendar 2012の7日目です.もう一週間経ったのですね. The American Statistician, August 2008, Vol. 62, No. 3 P-Values are Random Variables (PDF) で「学生がp-valueについて理解するためにはp-valueが確率変数であることを強調した方がいい…

BAMヘッダーのサイズが大きいとCufflinksでエラーが出る

window.twttr = (function(d, s, id) { var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0], t = window.twttr || {}; if (d.getElementById(id)) return t; js = d.createElement(s); js.id = id; js.src = "https://platform.twitter.com/widgets.js"; fjs.paren…

ゲノム座標の記法(1-based vs. 0-based)

先日、後輩から「UCSCからダウンロードした遺伝子の座標から塩基配列を取得するときに、ファイルに書かれた座標とゲノムブラウザでみた配列が1つずれてる」と言われました。 自分もかつて同じ問題にぶつかったのですが、意外と知らない人がいると思い、まと…

SAMフォーマットの注意点

あんまり需要はない知識ですが、SAMファイルをSAMToolsなどを使わずに直接いじくったときに引っかかったことをメモ。The SAM Format Specification (v1.4-r962)(pdf) multiread(複数の箇所にマップされたリード)を除きたい場合 あるリードが複数の箇所にマッ…

RefSeq

The Reference Sequence (RefSeq) database is a non-redundant collection of richly annotated DNA, RNA, and protein sequences from diverse taxa. The collection includes sequences from plasmids, organelles, viruses, archaea, bacteria, and euka…

Entrez Gene と RefSeq の関係

Entrez Gene は「遺伝子の辞書」 Entrez Gene は、遺伝子を中心に据えて*1、ゲノム地図、配列、発現、タンパク質構造、機能、相同性といった多様な情報を統合したデータベースです。すべてをまとめる、というよりは色んなところに飛んでいけるハブを提供する…